1、印花税。印花税通常是容易忽略的税种，但注销时一定会翻过来。实收、资本公积、营业账簿、租赁、买卖合同及企业成立以来的重大合同均为检验重点。印花税采用正向列举的方法，《印花税暂行条例》规定的合同应当全部缴纳印花税，反之则不缴纳。企业应首先自行调查，建议及时增税。

2、个人所得税。借给老板20万，一直没还。怎么办才好呢？老板向公司借款，未在纳税年度返还，也未用于生产经营的，应分配股息，按20%抵扣税款。注销前应该扣除4万的所得税。因此，在企业注销之前，必须自己检查“其他应收款”帐户。

3、账面库存的低价销售。很多企业注销时账上有库存，可以低价出售吗？答案很好。通常，企业处理临时商品，或者因偿还债务、转产、停业等原因降价销售的，一般被视为有正当理由的低价销售行为，不被税务局确定为价格低。

4、账面库存分配给投资者。一家商贸公司，账面上有20万元的商品，市值25万元，坏账时计划向股东分配商品。按照规定，将商品分配给投资者应视为销售，应缴纳的营业税为3.25万元。

5、库存没了怎么办？一家商贸公司发现，在放贷时，113万元的库存因管理不善而受损，不值一提，这些货物前期抵扣了进口税。由于管理不善造成的损坏，注销时应转出收入税13万元。

6、保留税额可以退还吗？根据规定，公司注销后，可以将相当于该部分进项税额的货物销售给关联公司，产生销售项目税，同时向关联公司开具进项发票，将保留的税额转嫁给关联公司。